Un an après la seconde guerre qui à opposée Zaft à la Terre. La paix est enfin stable dans le monde, Kira vit avec Lacus en toute tranquillité sur Plant. Lacus dirige Plant avec l'aide de Kira qui la protège... Son cher Ami Asran vit sur Orb en compagnie de Meryin. Shin et Luna on continué leur vie dans l'armée de Zaft. Shin est devenu finalement Capitaine d'escadrille et Luna et maintenant Capitaine du Minerva. Pendant que le monde à l'air d'étre stable une petite agence de l'armée de Zaft enleva un jeune adolescent coordinateur dont la famille est morte étrangement et continua des expériences pour faire un ultime coordinateur encore plus puissant que Kira.
Quelque semaines, plus tard Le jeune homme qui avait servit de cobaye reussi à s'échapper du laboratoire et apprit alors que ses parents avaient été tués par des soldats de Zaft, la haine monta en lui et il créa une armée d'humains et de coordinateurs qui trouvent que le monde actuel n'est que déchet. Son groupe s'appelle ...l'Armée Noire. Cette armée jura de détruire le monde, il declarèrent alors la guerre à toutes les nations du monde et toutes les personnes qui ne les soutiennent pas. Grâce à l'intelligence de leur leader l'Armée Noire reussit à voler tous les plans de construction des gundams existant et les modifièrent. Les gundams de l'Armée Noire sont exactement comme les originaux cependant ils sont tous de couleur noire.
Plant pour contrer cette menace grandissante construit tous ses MS et gundam secrètement sans que le président Lacus soit mis au courant. L'EAF, eux refont des expériences d'extented pour se défendre contre l'Armée Noire. Et pour finir on ne sais pas comment mais L'EAF apprit que Zaft reforma son armée et les tensions politiques entre les deux nations s'echauffèrent. Comment le monde va-t-il finir ?